בהגעת הצדדים למכון הפוליגרף יינתן הסבר ממזמין הבדיקה.

מילוי שאלון אישי וחתימת הנבדק על הסכמתו לעבור בדיקת פוליגרף בנושא הנקבע, קבלת גרסת הנבדק. מתן אישור הבודק על כשירות הנבדק לעבור בדיקת פוליגרף.

הבודק יקריא לנבדק את שאלות הבדיקה הנבדק יאשר שאכן מסכים להישאל בשאלות הנ"ל, הנבדק יחתום שמאשר את שאלות הבדיקה.

חיבור הנבדק למכשיר הפוליגרף.

ביצוע הבדיקה הרלוונטית הכוללת את השאלות שנקבעו, הבדיקה תחזור על עצמה 3 פעמים ברציפות.

סיום הבדיקה, שיחה קצרה עם הנבדק ושחרור הנבדק לביתו.

הבודק יפענח ידנית את תוצאות הבדיקה, לאחר מכן יערוך הבודק פיענוח ממוחשב. הבודק יצליב בין תוצאות הבדיקה. כתיבת דו"ח וכתיבת חוות דעת על הבדיקה ותוצאותיה.